COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-06 17:00:00 10.425699 10.425699 11.345362
2021-05-05 17:00:00 9.256102 9.256102 11.494530
2021-05-04 17:00:00 9.659440 9.659440 11.532669
2021-05-03 17:00:00 12.723539 12.723539 11.786300
2021-05-02 17:00:00 14.393832 14.393832 12.009253
2021-05-01 17:00:00 11.098176 11.098176 12.152301
2021-04-30 17:00:00 12.734763 12.734763 12.381369

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-06 17:00:00 12.554113 12.554113 11.009332
2021-05-05 17:00:00 10.355987 10.355987 10.907816
2021-05-04 17:00:00 5.494505 10.762767 10.780844
2021-05-03 17:00:00 9.762533 9.636364 10.485718
2021-05-02 17:00:00 15.014164 15.014164 10.321032
2021-05-01 17:00:00 10.600375 10.600375 10.061560
2021-04-30 17:00:00 9.151515 9.151515 9.886122

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-06 17:00:00 22.047244 22.047244 17.857455
2021-05-05 17:00:00 22.407170 22.407170 18.285341
2021-05-04 17:00:00 11.960133 11.960133 18.172557
2021-05-03 17:00:00 14.772727 3.746398 18.311091
2021-05-02 17:00:00 22.383721 10.976479 18.556664
2021-05-01 17:00:00 28.674352 28.674352 18.839415
2021-04-30 17:00:00 26.219512 26.219512 19.197230

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-06 17:00:00 10.141928 10.141928 9.494536
2021-05-05 17:00:00 7.939614 7.939614 9.841884
2021-05-04 17:00:00 10.370879 10.370879 10.096510
2021-05-03 17:00:00 13.028571 6.791778 10.375171
2021-05-02 17:00:00 14.689266 8.686409 10.736720
2021-05-01 17:00:00 10.439901 10.439901 11.186756
2021-04-30 17:00:00 11.539560 11.539560 11.492394

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-06 17:00:00 9.095861 9.095861 9.655841
2021-05-05 17:00:00 8.225797 8.225797 9.812087
2021-05-04 17:00:00 10.082570 10.082570 9.993817
2021-05-03 17:00:00 18.101170 6.260200 10.469295
2021-05-02 17:00:00 12.656806 12.656806 10.774897
2021-05-01 17:00:00 10.467551 10.467551 10.998111
2021-04-30 17:00:00 12.389843 12.389843 11.270705

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-06 17:00:00 16.522960 16.522960 21.124884
2021-05-05 17:00:00 13.004172 13.004172 21.246634
2021-05-04 17:00:00 16.079077 16.079077 21.653333
2021-05-03 17:00:00 31.344743 31.344743 22.439429
2021-05-02 17:00:00 36.398467 36.398467 23.137570
2021-05-01 17:00:00 20.284544 20.284544 23.637264
2021-04-30 17:00:00 34.615385 34.615385 24.299648

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-06 17:00:00 5.184705 5.184705 7.074410
2021-05-05 17:00:00 6.533984 6.533984 7.155153
2021-05-04 17:00:00 8.060606 8.060606 7.380010
2021-05-03 17:00:00 7.858243 7.858243 7.567677
2021-05-02 17:00:00 2.988792 2.988792 7.768207
2021-05-01 17:00:00 6.456283 6.456283 8.036861
2021-04-30 17:00:00 11.238293 11.238293 8.313256

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-06 17:00:00 5.177644 5.177644 5.157868
2021-05-05 17:00:00 4.199659 4.199659 5.233413
2021-05-04 17:00:00 4.623445 4.623445 5.267642
2021-05-03 17:00:00 9.788242 5.370663 5.304380
2021-05-02 17:00:00 11.804142 5.396678 5.388737
2021-05-01 17:00:00 5.720861 5.720861 5.488335
2021-04-30 17:00:00 6.330437 6.330437 5.600040

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-06 17:00:00 8.033573 8.033573 9.640422
2021-05-05 17:00:00 8.326180 8.326180 9.929390
2021-05-04 17:00:00 8.527542 8.527542 10.046545
2021-05-03 17:00:00 11.728931 9.386617 10.353533
2021-05-02 17:00:00 12.617114 12.617114 10.638636
2021-05-01 17:00:00 9.525881 9.525881 10.905852
2021-04-30 17:00:00 12.843183 12.843183 11.246437

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-06 17:00:00 11.626399 11.626399 9.755223
2021-05-05 17:00:00 9.270616 9.270616 10.029827
2021-05-04 17:00:00 9.111096 9.111096 10.129787
2021-05-03 17:00:00 8.229974 3.792795 10.625868
2021-05-02 17:00:00 11.111111 11.111111 10.946184
2021-05-01 17:00:00 10.743885 10.743885 11.319171
2021-04-30 17:00:00 11.802335 11.802335 11.738543

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-06 17:00:00 11.491443 11.491443 10.965626
2021-05-05 17:00:00 10.919089 10.919089 11.020741
2021-05-04 17:00:00 9.310817 9.310817 11.039233
2021-05-03 17:00:00 18.553459 11.068376 10.819309
2021-05-02 17:00:00 13.552361 11.516191 10.881933
2021-05-01 17:00:00 8.797554 8.797554 10.936176
2021-04-30 17:00:00 14.102564 14.102564 11.070675

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-06 17:00:00 2.320675 2.320675 5.619386
2021-05-05 17:00:00 3.533569 5.714286 5.686910
2021-05-04 17:00:00 1.103753 6.401766 5.602134
2021-05-03 17:00:00 6.162465 6.162465 5.607071
2021-05-02 17:00:00 6.167401 6.167401 5.501244
2021-05-01 17:00:00 5.317324 5.317324 5.658203
2021-04-30 17:00:00 5.131579 7.807808 5.553752

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-06 17:00:00 7.969152 7.969152 8.637677
2021-05-05 17:00:00 10.075027 10.075027 8.300425
2021-05-04 17:00:00 5.581040 5.581040 7.919565
2021-05-03 17:00:00 1.785714 25.000000 7.656119
2021-05-02 17:00:00 3.559071 6.933077 7.531546
2021-05-01 17:00:00 47.202797 24.475524 7.329079
2021-04-30 17:00:00 6.615385 6.615385 7.109947

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-06 17:00:00 6.647399 17.490494 18.977135
2021-05-05 17:00:00 2.505967 16.449086 20.244757
2021-05-04 17:00:00 21.428571 21.428571 21.313795
2021-05-03 17:00:00 1.724138 6.028369 22.460913
2021-05-02 17:00:00 16.666667 16.666667 23.624289
2021-05-01 17:00:00 20.365535 20.365535 24.594523
2021-04-30 17:00:00 34.519573 34.519573 25.922716

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-06 17:00:00 12.663021 12.663021 11.630539
2021-05-05 17:00:00 14.200030 14.200030 12.082810
2021-05-04 17:00:00 9.753483 9.753483 12.183457
2021-05-03 17:00:00 12.355908 5.259123 12.192802
2021-05-02 17:00:00 23.214286 10.937987 12.577558
2021-05-01 17:00:00 11.600684 11.600684 12.745730
2021-04-30 17:00:00 15.334517 15.334517 13.130659

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-06 17:00:00 27.543970 27.543970 32.221779
2021-05-05 17:00:00 22.488957 31.803368 32.516556
2021-05-04 17:00:00 27.919609 27.919609 32.104562
2021-05-03 17:00:00 12.894534 40.646651 32.620286
2021-05-02 17:00:00 72.192513 23.594524 33.333805
2021-05-01 17:00:00 42.529168 42.529168 33.675559
2021-04-30 17:00:00 35.612083 35.612083 34.819018

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-06 17:00:00 4.334575 4.334575 4.858446
2021-05-05 17:00:00 5.604321 5.604321 5.142338
2021-05-04 17:00:00 4.260549 4.260549 5.307911
2021-05-03 17:00:00 5.041322 2.065696 5.382166
2021-05-02 17:00:00 4.265566 4.265566 5.667427
2021-05-01 17:00:00 5.430933 5.430933 5.930222
2021-04-30 17:00:00 8.645432 8.645432 6.207141

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-06 17:00:00 10.596844 10.596844 9.697706
2021-05-05 17:00:00 8.444924 8.444924 9.777682
2021-05-04 17:00:00 10.565773 10.565773 9.807049
2021-05-03 17:00:00 11.495693 8.174630 10.004484
2021-05-02 17:00:00 14.577039 8.814798 10.153955
2021-05-01 17:00:00 10.862481 10.862481 10.331396
2021-04-30 17:00:00 10.176102 10.176102 10.426621

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-06 17:00:00 9.235225 9.235225 10.183460
2021-05-05 17:00:00 8.917656 8.917656 10.162361
2021-05-04 17:00:00 6.984171 11.045543 10.071536
2021-05-03 17:00:00 15.650741 15.650741 9.991604
2021-05-02 17:00:00 12.760007 12.760007 10.037046
2021-05-01 17:00:00 8.780536 8.780536 10.019500
2021-04-30 17:00:00 9.214150 9.214150 10.033461

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-06 17:00:00 12.595420 12.595420 10.289989
2021-05-05 17:00:00 13.617464 13.617464 10.293149
2021-05-04 17:00:00 10.710383 10.710383 10.241921
2021-05-03 17:00:00 21.084337 4.018370 10.353468
2021-05-02 17:00:00 27.777778 7.678677 10.604604
2021-05-01 17:00:00 8.743169 8.743169 10.818176
2021-04-30 17:00:00 14.598540 14.598540 11.258602

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-06 17:00:00 23.668639 23.668639 20.835150
2021-05-05 17:00:00 8.450704 8.450704 21.204740
2021-05-04 17:00:00 10.638298 10.638298 21.453046
2021-05-03 17:00:00 40.579710 40.579710 22.915964
2021-05-02 17:00:00 21.100917 21.100917 23.701917
2021-05-01 17:00:00 18.296530 32.584270 24.474575
2021-04-30 17:00:00 22.018349 22.018349 25.168859

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-06 17:00:00 18.058211 18.058211 20.812361
2021-05-05 17:00:00 18.122111 18.122111 21.192571
2021-05-04 17:00:00 21.149897 21.149897 21.372897
2021-05-03 17:00:00 18.019802 20.138002 21.973713
2021-05-02 17:00:00 13.260782 31.761387 22.392538
2021-05-01 17:00:00 20.342755 20.342755 22.801386
2021-04-30 17:00:00 20.138002 20.138002 23.269521

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 12.554113 12.554113 11.009332
Basilicata 22.047244 22.047244 17.857455
Calabria 10.141928 10.141928 9.494536
Campania 9.095861 9.095861 9.655841
Emilia-Romagna 16.522960 16.522960 21.124884
Friuli Venezia Giulia 5.184705 5.184705 7.074410
Lazio 5.177644 5.177644 5.157868
Liguria 8.033573 8.033573 9.640422
Lombardia 11.626399 11.626399 9.755223
Marche 11.491443 11.491443 10.965626
Molise 2.320675 2.320675 5.619386
P.A. Bolzano 7.969152 7.969152 8.637677
P.A. Trento 6.647399 17.490494 18.977135
Piemonte 12.663021 12.663021 11.630539
Puglia 27.543970 27.543970 32.221779
Sardegna 4.334575 4.334575 4.858446
Sicilia 10.596844 10.596844 9.697706
Toscana 9.235225 9.235225 10.183460
Umbria 12.595420 12.595420 10.289989
Valle d'Aosta 23.668639 23.668639 20.835150
Veneto 18.058211 18.058211 20.812361

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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